Oorspronkelijk hadden de prinsen de Rubempré hun grafkelder in het koor van de kerk. In 1720 bouwde de tweede prins de Rubempré zijn grafkelder onder de Sint-Hubertuskapel. De opening van de grafkelder was langs de binnenzijde van de kerk via een marmeren sluitsteen. In 1840 werd bij het overlijden van graaf Werner de Merode een derde grafkelder gebouwd tegen de Sint-Hubertuskapel. Beide zonen van graaf Werner, nl. graaf Louis (+1876) en graaf Amaury (+1884) alsook het doodgeboren mannelijk kind (+1847) van prins Charles III van Monaco en gravin Antoinette de Merode, en de dochter van graaf Werner werden hier begraven.
Prins Amaury de Merode schonk in 1955 grond voor het nieuwe kerkhof van Everberg langs de Tervuursesteenweg. Toen werd ook de nieuwe grafkelder voor de leden van de prinselijke familie de Merode achteraan op dit kerkhof gebouwd naar een plan van Hendrik Beyaert. De vier kisten van bovengenoemden kwamen hier terecht. Hier liggen ook de leden van de familie de Merode uit de takken Everberg en Loverva begraven.
